Desde o início século XVI, portugueses vindos da Capitania de São Vicente se instalaram na região e, com a descoberta do ouro em Minas Gerais, o local se tornou ponto obrigatório para os que seguiam do Rio de Janeiro em direção às minas. O povoado era o único local por onde a Serra do Mar podia ser transposta: havia uma antiga trilha dos índios Guaianás para alcançar o Vale do Paraíba (Taubaté – Pindamonhangaba – Guaratinguetá) e seguir para os sertões das minas de ouro. Martim Correia de Sá, filho do governador Salvador de Sá, trilhou esse caminho à frente de 700 portugueses e 2.000 índios Tamoios.
O primeiro núcleo de povoamento surgiu em um morro ao norte do rio Perequê-Açu. Em princípio do século XVII, colonos vindos de São Vicente se instalaram neste local e ergueram a Capela de São Roque. Posteriormente, seus moradores transferiram-se para local mais favorável e construíram, por volta de 1646, uma capela em homenagem a Nossa Sra. dos Remédios.
A povoação foi transferida para a baixada, na margem direita do Perequê-Açu, próximo ao mar, onde foi construída a nova Igreja Matriz Nossa Sra. dos Remédios. Surgiu, assim, um dos pontos geradores da futura povoação, que cresceu lentamente, se estendendo pelas ilhas próximas.
Em 1660, o povoado foi elevado à categoria de vila: o capitão Domingos Gonçalves de Abreu (paratiense) rebelou-se contra a Vila de Angra dos Reis da Ilha Grande, a cuja jurisdição estava sujeito o povoado de Paraty, requereu diretamente ao capitão-mor da Capitania de São Vicente a sua elevação à categoria de vila, e ergueu o Pelourinho (símbolo de autonomia e autoridade). Nesse mesmo ano, por ordem do governador Benevides abriu-se o primitivo caminho dos Guaianás (“caminho único para o sertão e minas de serra à cima”).
Durante sete anos, a Câmara de Angra dos Reis lutou contra esse ato de rebeldia e, em 1667, a Coroa Portuguesa reconheceu a autonomia conquistada pelos revoltosos de Paraty.
Graças a sua situação de caminho único para o Vale do Paraíba e Minas Gerais, para quem vinha do norte, a povoação prosperou rapidamente. O Porto de Paraty era muito frequentado, com grande comércio de café, arroz, milho, feijão, aguardente e farinha. Por ali, escoava-se grande parte do ouro de Minas, tanto que uma Carta Régia, em 1703, criou, no local, um Registro de Ouro, extinguindo todos demais, salvo o Registro do Porto de Santos.
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Fonte: IPHAN website
http://portal.iphan.gov.br/pagina/detalhes/1510/