Desde o início século XVI, portugueses vindos da Capitania de São Vicente se instalaram na região e, com a descoberta do ouro em Minas Gerais, o local se tornou ponto obrigatório para os que seguiam do Rio de Janeiro em direção às minas. O povoado era o único local por onde a Serra do Mar podia ser transposta: havia uma antiga trilha dos índios Guaianás para alcançar o Vale do Paraíba (Taubaté – Pindamonhangaba – Guaratinguetá) e seguir para os sertões das minas de ouro. Martim Correia de Sá, filho do governador Salvador de Sá, trilhou esse caminho à frente de 700 portugueses e 2.000 índios Tamoios. 

O primeiro núcleo de povoamento surgiu em um morro ao norte do rio Perequê-Açu. Em princípio do século XVII, colonos vindos de São Vicente se instalaram neste local e ergueram a Capela de São Roque. Posteriormente, seus moradores transferiram-se para local mais favorável e construíram, por volta de 1646, uma capela em homenagem a Nossa Sra. dos Remédios.

A povoação foi transferida para a baixada, na margem direita do Perequê-Açu, próximo ao mar, onde foi construída a nova Igreja Matriz Nossa Sra. dos Remédios. Surgiu, assim, um dos pontos geradores da futura povoação, que cresceu lentamente, se estendendo pelas ilhas próximas. 

Igreja de Nossa Senhora dos Remédios

Em 1660, o povoado foi elevado à categoria de vila: o capitão Domingos Gonçalves de Abreu (paratiense) rebelou-se contra a Vila de Angra dos Reis da Ilha Grande, a cuja jurisdição estava sujeito o povoado de Paraty, requereu diretamente ao capitão-mor da Capitania de São Vicente a sua elevação à categoria de vila, e ergueu o Pelourinho (símbolo de autonomia e autoridade). Nesse mesmo ano, por ordem do governador Benevides abriu-se o primitivo caminho dos Guaianás (“caminho único para o sertão e minas de serra à cima”).

Durante sete anos, a Câmara de Angra dos Reis lutou contra esse ato de rebeldia e, em 1667, a Coroa Portuguesa reconheceu a autonomia conquistada pelos revoltosos de Paraty.

Graças a sua situação de caminho único para o Vale do Paraíba e Minas Gerais, para quem vinha do norte, a povoação prosperou rapidamente. O Porto de Paraty era muito frequentado, com grande comércio de café, arroz, milho, feijão, aguardente e farinha. Por ali, escoava-se grande parte do ouro de Minas, tanto que uma Carta Régia,  em 1703, criou, no local, um Registro de Ouro, extinguindo todos demais, salvo o Registro do Porto de Santos.

Igreja de Santa Rita

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Fonte: IPHAN website

http://portal.iphan.gov.br/pagina/detalhes/1510/